当前在征地补偿中存在的主要问题是：一、法律不完善。目前，就征地补偿款的分配问题，法律尚无明文规定，什么情况应该给，什么情况不应该给，没有统一的标准。二、征地对农民的补偿过低。农民的医疗保险、养老保险、就业保险等都是依附在土地上的，但补偿标准只以年收益的固定倍数为限，没有充分考虑失地农民的各种保障。三、为降低商务成本，各地都存在不同程度的违规操作、侵害征地农民利益的现象，为加大招商引资的力度，降低开发商的前期开发成本及减少征地劳动力安置的费用，部分乡镇擅自隐瞒土地用途或违规操作。针对以上情况，建议如下：

1.提高对征地农业人员的补偿标准。(1)区分土地征用后的使用途径，提高经营性用地的征地补偿标准。首先，适当提高公益性土地征用标准。其次，提高经营性用地补偿标准。(2)适当提高征地补偿费中个人的补偿比例。对因公共利益征用的集体土地，征地补偿费在被征地的集体经济组织和农民之间分配，乡镇政府及村委会不应参与征地补偿费的分配。对非公共利益征用的集体土地，征地补偿费在国家、被购地的集体经济组织和农民之间分配，具体标准由各省市有关单位权衡各个征地主体利益决定。

2.扩大对征地农业人员的补偿范围。(1)给予征地农业人员一定的脱离农村集体的补偿。(2)对征地农业人员城市化的过程实施必要的补助。在征地农业人员实现“农转非”后，必须在其由农民向市民的转型过程中，实施适当的政策倾斜，如对征地劳动力就业提供免费的知识和技能培训、为其创业提供贴息贷款、对征地农业人员房屋拆迁享受城镇居民动拆迁的各类政策优惠，购买商品房给予贴息贷款补贴等。

3.征地劳动力补偿、社会保障安置以不提高商务成本为原则。(1)对同一区域征地农业人员实施统一的补偿标准。(2)建立征地补偿和社会保障安置基金，统一支付基本社会保障费用。

4.地方政府可通过让利的形式，进一步降低商务成本。作为地方政府，从加大招商引资、促进地方经济的大局出发，可通过包括税收优惠、补贴征地农业人员的部分安置费用等向开发商让利，以降低开发商的前期开发成本。地方政府在补偿过程中所失去的利益，可以在以后该地区经济发展过程中或者发展后以征收其他费用的形式予以弥补，也即以牺牲眼前利益换取长远发展。