(一)工程招标代理机构的性质和地位不清，缺乏独立性

按照《招标投标法》和相关法律、法规，工程招标代理机构是依法设立的从事招标代理业务并提供相关服务具有独立法人资格的中介咨询机构。理论上来说，中介机构不应受控于委托方，而是独立的、平等的第三方。一方面招标人将业务委托招标代理机构时应充分予以信任，让其在委托代理的范围内开展工作，不应给予干涉。另一方面招标代理机构在代理过程中应遵循招标投标的有关法律、法规，精心编制招标文件，严格依法在代理范围内办事。但现状却不容乐观，部分招标代理机构不是靠自身熟悉相关法律、法规知识，具备专业人才和提供廉洁、优质、高效服务等优势，而是靠与招标人的关系好坏来开展工作。因此，不时出现招标代理机构对个别招标人的不正当利益要求不抵制，有违规倾向性不纠正等情况，甚至还为招标人违规操作提供种种便利，出谋献策。这种千丝万缕的关系增加了人为因素的干扰，妨碍了招标投标活动的公正性，从而导致招标代理机构难以真正独立。

(二)部分工程招标代理机构内部管理混乱，招标质量低劣，投诉时有发生

有些招标代理机构将其内部分成若干部门，单位仅对各部门下达任务指标，收取管理费，放任各部门自行操作，缺乏统一审核管理，使得内部管理较为混乱。有些招标代理机构钻政府或行业动态监管未全面有效实施的空子，在申办注册时，虚借、拼凑专业技术、经济人员名册，承揽代理业务后再临时召集工作班子，机构内部无管理、无档案，代理业务后期服务无保障。还有些企业在原有经营范围内办理增项，添加工程招标代理业务，但并不以此为主业，时常发生出借资格证书或允许其他单位、个人以本企业名义承揽工程招标代理业务的情况。混乱的内部管理，造成了招标质量低劣、投诉时有发生的状况。

(三)部分工程招标代理从业人员缺乏招标投标相关专业知识，素质参差不齐

作为一个新兴的行业，工程招标代理从业人员大部分是从勘察设计、施工、监理、造价咨询或文秘等行业转行过来的。尽管他们具有较高的专业理论水平和实际工作能力，但是其中大部分从业人员没有经过招标投标有关法律、法规和操作程序的培训和学习，缺乏招标代理的基本素质和技能，不能很好地完成编制招标文件、组织资格预审和评标定标等工作。因此，一些从业人员在代理工作中不是根据具体项目的特点进行招标策划、编写相关文件，而是相互搬抄，造成有的文件几乎雷同，漏洞百出。又有些从业人员在组织资格预审和评标过程中，不懂法律程序，错误接连不断。这些行为均破坏了工程招标代理行业的整体形象。

(四)工程招标代理行业内存在乱收费现象

工程招标代理机构作为一个自负盈亏的企业实体，也是以赢利为目的的。但在激烈的市场竞争中，一些工程招标代理机构为获取代理业务竞相压价，牺牲合法利润，追求非法利润，已成为当前一个亟待解决的现实课题。主要表现为：一是招标代理机构承接招标代理业务时承诺少收费，甚至不收费，而在其他方面“找窍门，走捷径”，进行乱收费、高收费。如经常发现一些招标代理机构高价出售招标文件或资格预审文件，违规收取报名费、图纸费等。二是有的招标代理机构为了实现自己“利益”最大化，甚至和招标单位、投标单位合谋围标、串标或者出卖标底。三是一些招标人将工程招标代理服务费转嫁给中标人，由中标人支付代理报酬，从而违反了《合同法》的相关规定。凡此种种，严重影响了招标投标行业的健康发展，扰乱了建筑市场的正常秩序。

(五)工程招标代理机构发展不均衡，行业管理部门缺乏宏观调控手段

从全国各个省、自治区、直辖市来看，经济发达的省市工程招标代理机构发展迅速，市场竞争充分，招标代理的意识已经深入人心。而经济欠发达的省市工程招标代理机构发展相对缓慢。就各个省、自治区、直辖市内部，工程招标代理机构发展也极不均衡。在先进发达地区，发展较快，竞争激烈，部分甚至呈恶性竞争的局面。而在边远地区，工程招标代理的资源严重不足，有些边远区县当地没有一家工程招标代理机构，而外地招标代理机构又不愿进入这些地区从事代理业务，工程招标代理在这些地区成为一个“盲区”。这种发展的不均衡极大地制约了工程招标代理事业在全国范围内的整体推进。因为新版的《工程建设项目招标代理机构资格认定办法》是全国统一的，地区的差异导致机构发展的不平衡是绝对的。此外，除了政策法规不完善的因素外，行业管理部门在查处工程招标代理机构违法违规行为、落实清出制度等方面，还面临着调查难、取证难、定性难的“三难”问题。综上所述，客观上也造成了行业管理部门缺乏对市场宏观调控的有效手段。