中药专利保护与中药品种保护的目的都是对中药技术成果给予合法性的保护，以促进中药事业的发展，但两者间存在着不同之处。

1.两者保护的客体范围不同：专利保护的客体包括了中药复方、单方制剂，中药提取物及其制剂，中药的制备方法或加工工艺，中药的新用途，而且，专利保护的药物产品可以是正式批准的药物品种，也可以是正在研制中的未上市的药物;中药品种保护的客体只是列入国家药品标准和国务院卫生行政部门认定的列入省、自治区、直辖市药品标准的药物产品(《中药品种条例》第二条规定“本条例适用于中国境内生产制造的中药品种，包括中成药、天然药物的提取物及其制剂和中药人工制成品。”—编者注)

2.两者保护的法律效力不同：专利保护的法律依托是《中华人民共和国专利法》，属于全国人大常委会正式通过的国家法律，其保护方式是由专利局授予专利保护范围，通过诉讼程序由法院判定是否侵权，并由法院执行对侵权者的制裁;中药品种保护的依据是国务院制定的《中药品种保护条例》，属于国家法规，其保护方式是由国家卫生行政部门监督管理(现已改由国家药品监督管理局，以下同—编者注)，采取行政保护措施。在法律效力上前者大于后者。也就是说，根据法律与法规矛盾时，法规服从于法律的原则，对同一种中药品种，如果两者保护的权益人出现不同时，在法律效力上后者服从于前者。鉴于此原因，《中药品种保护条例》第二条第二款规定：“申请专利的中药品种，依照专利法的规定办理，不适用本条例”。

3.被保护者的权利性质不同：专利权属于知识产权的范畴。所谓知识产权是国际上广泛承认的一种特殊的、无形的财产所有权，包括工业产权和版权，工业产权又包括专利权和商标所有权。知识产权在法律概念上具有专有权和财产权的特征。专利保护就是通过对专利申请人授予专利权的形式给予保护，专利权人享有该专利技术的独占权，即专利权人有独占使用其专利权的权利，并有限制或许可他人使用其专利权的权利。也说是说，决定是自己独家生产其专利药品，还是许可其他厂家生产以及许可其他几家生产的权利人是专利权人自身，如果未经专利权人许可而使用其专利技术构成侵权行为，专利权人有权制止侵权行为，并有权要求侵权者赔偿其经济损失;而中药品种保护属于对特定生产企业所生产中药品种的一种行政保护措施，不具有法律上的专有权和财产权特征，即对于中药品种保护来说，同一保护品种受益人不只是一家，它可以同时是两家以上的生产企业，决定保护几家生产企业同时生产同一产品的权利人不是《中药保护品种证书》的持有者，也就是说，《中药保护品种证书》持有者的权利是非独占性的，并且，对擅自仿制中药保护品种的处罚权归卫生行政部门所有，《中药保护品种证书》持有者不具有要求赔偿其经济损失的权利。专利权由于具有财产权的特性，与普通财产所有权人一样，专利权人有权决定他所拥有的专利权的命运，诸如转让、赠与、放弃等，这就是财产所有权人在法律概念上的处分权。因此专利权可以进入商品流通领域进行自由买卖，专利权人有权决定是否通过部分或全部转让，获得经济利益;而《中药保护品种证书》持有者的权利是不能自由进入商品流通领域进行买卖和转让的，只有对临床用药紧缺的中药保护品种，根据国家中药生产经营主管部门提出的仿制建议，经国务院卫生行政部门批准，《中药保护品种证书》持有者才可以收取合理的使用费，并且其使用费数额双方协商不能达成协议时，由卫生行政部门裁决。也就是说，《中药保护品种证书》持有者对这种使用费的收取是有条件的、非自主性的。

4.两者保护的期限不同：药品专利保护的期限统一为二十年;中药品保护的期限不是统一的，中药一级保护品种分别为三十年、二十年、十年，中药二级保护品种为七年。