尽管目前的不起诉决定书格式(2002年)是在1996年制定的原文书的基础上修改而成，在结构和形式上做了必要的完善，但仍存在以下弊病：首先，不起诉决定书缺乏个性，成为千篇一律的形式文书。实践中不起诉决定书一般都是按照文书范本进行填空式的书写，结构固定，内容机械，未对千变万化的个案进行全面的剖析。制作不起诉决定书是检察机关开展法律监督工作的一项重要内容。它记录着案件的进展和结果，决定了的当事人的命运，同时也体现了办案人员的执法水平和法律的严肃性。程式化的不起诉决定书缺乏针对性，普遍适用于所有案件，无法体现司法的过程，损害了检察机关的法律权威，也不利于办案人员执法水平的提高。

其次，不起诉决定书缺乏逻辑性，未展示推理过程，从事实到结论的跳跃较大。司法的过程实质上是将静态的法律运用于动态的现实生活的过程。司法人员通过对法律的阐释和对事实的分析将二者有机的联系起来。而目前的不起诉决定书仅仅简单罗列了事实、证据，引用了寥寥数条法规后就得出了结论，省略了二者之间的因果联系，逻辑推理，容易造成司法擅断的假象，也不利于对当事人和社会大众的法律普及教育。

再者，不起诉决定书缺乏针对性，说理不充分。当事人非常关切的处理意见往往是办案人员简单引用刑诉法条款后得出的，要么对理由避而不谈，对争论的焦点视而不见;要么避重就轻，挑能说的说，容易说的说。这种只让人知其然而不知其所以然的决定书缺乏司法透明度，限制了各方当事人的知情权和参与权，无法使检察机关实现从“制度权威”到“法理权威”的跨越，也无法真正让案件当事人或侦查部门心服口服，造成因不理解而提起申诉、复议的现象，浪费司法资源。

现行不起诉决定书诸多弊病的形成既有法律制度上的成因，又有司法实践中的根源。

第一，强权性的刑事司法理念造成了对说理的轻视。中国历来奉行重刑轻民的法律文化，有罪推定的观念根深蒂固，犯罪嫌疑人的诉讼权力向来得不到保障。加之大陆法系在刑事司法中采用的纠问式办案模式，使司法人员长期以来形成了强烈的权力意识，以公权力的行使压制公民的个人权利。在个案的处理中，办案人员更多的追求实体正义，忽视程序自身的价值。在这种法律意思和观念的支配下，说理就显得多余，依照法律规定得出的结论必然是正确和正义的，诉讼参与人只是被动执行的主体。

第二，司法人员的素质不能完全适应说理工作的开展。近年来，包括法官、检察官在内的司法队伍的专业化建设使执法人员的素质有了长足的进步，但仍有部分办案人员的素质无法适应日益提高的执法要求。体现在不起诉说理上，经常存在有理说不清的情况。即使在适用法律的过程中，内心已经形成了完整的逻辑推理过程，却无法通过书面表达将其固定下来。遇到疑难案件更是条理混乱，无从说起。为避免这种质量不高的法律文书的出现，只能含混其词，避繁就简，将说理部分省去。

第三，对不起诉决定书缺乏相应的监督机制助长了说理的惰性。当前，对不起诉决定书的监督措施不够，致使办案人员即使能够说理，也不愿说理。不起诉制度将法院的刑事审判权前移至检察机关，扩大了后者的自由裁量权。但对这种权利却缺乏相应的监督机制。法律赋予侦察机关和被害人的复核、申诉权都是针对结论而言，对于说理的质量即缺乏内部考评机制，也没有外部监督措施。在办案时限的压力下，检察人员往往是抱着能不说就不说，能少说就少说的态度制作不起诉决定书，不愿在这方面投入精力。遇到人情案、关系案更是含糊其辞，用程式化、抽象化的大话、套话蒙混过关，试图借助说理不清的表述风格来掩盖暗箱操作等诸多问题。

第四，实践中对不起诉的抵触也阻碍了不起诉决定书说理质量的提高。不起诉作为检察机关作出的具有相对终结诉讼程序性质的决定，在理论界存在褒贬不一的评价。尤其是相对不起诉一直以来颇受诟病。这也导致了在检察实践中抵制、否定不起诉的做法，有些地方甚至通过考核人为的限制不起诉的数量。加之检察机关以有罪判决为导向的司法理念，让办案人员在工作中对不起诉文书接触较少，使得不起诉文书说理质量的提高失去了实践经验。