从法律对两者保护的范围看，商业秘密包括了技术秘密和经营秘密，而专利技术只是技术秘密;从构成特征看，商业秘密要求要有秘密性和商业价值，并不要求一定具有新颖性和创造性而专利技术要求有实用性、新颖性和创造性;有人概括商业秘密因为具有“不为公众所知悉”而具有新颖性的特点，是理解上的错误，是对秘密性和新颖性两个概念的混淆，商业秘密构成本身的技术信息或者经营信息并不必然具有新颖性，而只是要求其具有秘密性;从两者的权利存在状态看，商业秘密存在于保密，而专利技术是公开的;从两者的保护期限看，商业秘密的保护期限受到保密措施的影响，并对同类的创新不具有法定排斥权利，而专利技术则受到国家保护的法律强制规定，一般只能有20年，但是如在保护期内对同类的创新是具有排斥性的。

　　因此，对某种知识权利决定是采取商业秘密保护还是申请专利保护，需要对该项知识的特点、创新水平、是否排斥同类创新、保护权利的费用支出高低和难易程度等等予以综合评估，不能认为取得了专利技术才是高新技术和才能得到法律保护的片面认识，而盲目申请专利。事实上，取得专利技术后因为需要技术公开，一方面将承担在此公开技术上同类技术创新的技术风险，另一方面将承担市场上的因仿冒、剽窃、擅自使用等道德风险。而商业秘密则因其不公开而免于相关风险，但是商业秘密会因契约等保护措施的失败而被扩散并因此缺乏相关国家强制保护的风险;同时专利技术需要交纳固定的年费或者因其他人的侵权而需要维护权利所需支出的经费，获得保护的费用比保护商业秘密的费用高。因此，在申请专利前需要考虑是否采取保密措施对保护知识权利更有利一些。