1、应当正确划清医疗责任事故罪与医疗技术事故的界限。《处理办法》第5条规定："医疗事故分为责任事故和技术事故。责任事故是指医务人员因违反规章制度、诊疗护理常规等失职行为所致的事故;技术事故是指医务人员因技术过失所致的事故。"技术事故一般是指医务人员因技术水平不高、缺乏临床经验等技术上的失误所致的事故，而不是因为严重不负责任而导致的事故。所以，对医疗技术事故不能认定为本罪。因而，要特别注意将医疗事故罪与医疗事故相区别，因为医疗事故包括医疗技术事故，而医疗事故罪不包含医疗技术事故，以防止处罚范围扩大化。

3、应当正确区分医疗责任事故罪与就诊人或其亲属造成的事故。在有些情况下，就诊人的死亡或者其他严重后果，并非医务人员的行为所致，而是由于就诊人或者其家属不配合治疗或者擅自采用其他药物治疗等造成的。对此，不能认定为医疗责任事故罪。

2、应当正确区分医疗责任事故罪与医疗意外事故的界限。这里所说的医疗意外事故，是指由于医务人员不能预见或者不可抗拒的原因而导致就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的事故。在这种情况下，由于医务人员主观上没有过失，故不能认定本罪。

4、应当正确区分医疗责任事故罪与一般医疗事故。这里所说的一般医疗事故，是指医务人员虽然有不负责任的行为，也造成了一定的危害结果，但没有造成《刑法》所规定的致人死亡或严重损害人身健康的情况。一般医疗事故因为不符合医疗责任事故罪的结果要件，故不成立犯罪，此外，虽然医务人员严重不负责任，事实上也发生了《刑法》所规定的严重结果，但如果医务人员严重不负责任的行为与结果之间没有因果关系，也不能认定医务人员的行为构成医疗责任事故罪。

就我国的国情而言，多年来，医疗纠纷通常都以卫生行政部门处理为主，一九八七年六月二十九日由国务院颁布的的《处理办法》第11条规定：“病员及其家属和医疗单位对医疗单位对医疗事故或事件的确认和处理有争议时，可提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门处理不服的，病员及其家属和医疗单位均可在接到结论或者处理通知书之日起十日内，向一级医疗事故技术鉴定委员会申请重新鉴定或者向上级卫生行政部门申请复议，也可以直接向当地人民法院起诉。”这里进一步明确了由卫生行政部门处理医疗纠纷或事故的行政法律地位。

《医疗事故处理办法》自实施以来，在实践中确实起到过很大的作用，为医疗机构及卫生行政部门在处理医疗纠纷或事故时制定了标准和依据，卫生部依据此办法解决了许多医疗纠纷和医疗事故，自一九八七年国务院颁布《医疗事故处理办法》至今已九年有余，在这九年间市场经济体制逐步建立，卫生工作改革不断深入，医药价格多次调整，新的科学技术不断应用于临床，国民平均经济收入也有不同程度的提高，国家的政治、经济以及法律、法规诸多方面都发生了较大的变化，使得九年前颁布的《医疗事故处理办法》中有些条款、规定已逐渐不能适用现在的实际情况，许多专家已提出修改《医疗事故处理办法》的建议，有些学者还发表了讲述各自在工作实践中的体会。就《医疗事故处理办法》中的有关条款阐述自己的观点，但在《医疗事故处理办法》尚未修以前，我们各级医疗卫生部门在处理医疗纠纷或医疗事故中仍应依据《医疗事故处理办法》进行工作。

当医疗事故或纠纷发生后，医疗单位尽快组织有关人员对事的进行认真的调查、了解，诚恳地向病员及其家属说明真相，取得谅解。原则上医疗单位应与病员及其家属根据《医疗事故处理办法》的规定进行协商解决、处理。当协商无效而发生争议时既可提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门根据鉴定结论进行处理。

通过鉴定是事故的，应根据事故的等级给予一次性的经济补偿，补偿标准由省、自治区、直辖市的人民政府确定。

我国的医疗单位目前没有专门的“事故赔偿经费”，大多数都是从卫生事业费中支出，长此下去势必会影响医疗单位的事业发展，就目前情况而言，安全按《医疗事故处理办法》中规定的金额执行已无法满足患者及其家属的要求，以致事故无法处理下去，医护人员目前也是低收入工资，由个人负担也不现实，今后将怎样合理理解决定这一问题，有待商榷。